21 июня 1941 года в Маргостеатре состоялась премьера спектакля по пьесе С.Николаева «Лейтенант Огнев». Она повествовала о том, как наши солдаты храбро сражались против белофиннов. Спектакль закончился далеко за полночь. В это время на западе уже прогремели первые выстрелы – началась Великая Отечественная война. 24 июня в театре на общем собрании коллектива обсуждался вопрос о работе театра в военных условиях. А несколько человек уже успели получить повестку. В период с 24 июня 1941 г. по декабрь 1942 г. из числа работников театра (актеры, артисты оркестра, работники цехов) было призвано в ряды Красной армии примерно 30 человек. По одним данным, в труппе осталось всего 5 актеров – мужчин, 7 женщин. На основании директивного указания комитета по делам искусств СНК МАССР от 6.07. 1941 г., провели большое сокращение коллектива: актеров – 6 человек, оркестр – 7 человек, административно-технический персонал – 17 человек. По приказу управления по делам искусств работников театра, в том числе актеров, мобилизовали на трудовой фронт, лесозаготовки. На основании указания директивных органов в театре проходило всеобщее военное обучение, была создана команда ПВО из нескольких звеньев. Театр жил по законам военного времени. За малейшее нарушение трудовой дисциплины налагалось административное взыскание, вплоть до подачи в суд.
С 13 ноября 1941 года Совнарком МАССР Маргостеатр перевел в разряд передвижного театра с постоянным местом дислокации в с.Новый Торъял. Но весной 1942 г. снова переехал в Йошкар-Олу. Репертуар в основном состоял из одноактных пьес и концертной программы. Главной чертой спектаклей этих лет была их патриотическая направленность и идейно-мобилизующий пафос. Так, в 1942 году театр поставил спектакль по пьесе молодого драматурга С.Николаева «Шинелян ӱдыр» / «Девушка в шинели». Герои этой драмы – молодые девушки, одни из них по мобилизации идут на фронт, другие организовывают посылки для фронта.
В годы войны в Маргостеатре сформировалась группа актеров, безгранично преданных искусству. Лидером ее был режиссер С.И.Савельев. Разделившись на две бригады, они выступали в деревнях и селах, лесоучастках, госпиталях и в частях Красной Армии. По республике передвигались зачастую пешком, неся на себе костюмы, инструменты и предметы декорации. Выступление могло начинаться и в 8 часов утра, и в 23 часа ночи. Это зависело от того, как и когда артисты успели прибыть на место назначения. Сохранилась следующая запись: «Марийским национальным театром в порядке обслуживания частей Красной Армии, госпиталей и призывных пунктов за июль-август 1942 года поставлено 52 концерта. Составом русского театра специально для частей Красной Армии в течение 10 месяцев поставлено 32 шефских спектаклей, обслужено свыше 35 тысяч бойцов» (Из приказа по театру №373/183 от 24 октября 1942 г.
В 1943 году правительство в тяжелое для народа время нашло возможным отозвать с фронта деятелей национального искусства и дать возможность укрепить коллективы театров квалифицированными кадрами. Так, из рядов действующей армии были демобилизованы артисты Маргостеатра Н. Арбан и Т. Григорьев. Они сразу же были зачислены в труппу театра. А вот такие актеры, как Ф.Лебедев, И.Пушкин, Ф.Семенов и другие, погибли на фронтах войны.
В тяжелое время актеры сохранили марийский театр как очаг национальной культуры.